С 1988 года аэропорт располагается на нынешнем месте. Его строительство началось с 1986 года. Раньше аэропорт находился в черте городе. На сегодняшний день в здании аэровокзала работает городской автовокзал. Первый рейс из Алматы на самолете Ту-154 был принят в 1988 году уже в новом аэропорту.В аэропорту Кызылорда до середины 1990-х годов базировалось много самолетов Ан-2 (больше 50 штук).На них выполнялись регулярные рейсы (почтово-пассажирские) во множество населенных пунктов области
(Ленинск, Казалинск, Аральск, Джалагаш, Джусалы, Чиили, Яныкурган, Куандарья) и авиационные работы, а также 7 самолетов Як-40 и 3 вертолета Ми-8. На самолетах Як-40 выполнялись пассажирские авиарейсы в большинство областных центров страны, а также в следующие города России: Оренбург, Екатеринбург,
Новосибирский, Ростов-на-Дону и т.д.